Алоимунната или изоимунната неутропения при новородени възниква в плода поради антигенната несъвместимост на неутрофилите на плода и майката. Изоантителите на майката принадлежат към класа IgG, проникват в плацентарната бариера и унищожават неутрофилите на детето. Изоантитела обикновено са левкоаглутинини, реагират с клетките на пациента и баща му, не реагират с клетките на майката.