Най-честите индикации за трансплантация на роговицата са булозна кератопатия (псевдофакична, ендотелна дистрофия на Фукс, афакична), кератоконус, трансплантация на повторна тъкан, кератит (вирусен, бактериален, гъбичен, акантамеба, перфорация) и стромални дистрофии на роговицата.