Всеки първичен липопротеин се характеризира с наличието на отделен протеин (аполипопротеин), присъщ само на него. Аполипопротеините се обозначават с латински букви, а някои от тях представляват семейство протеини и са допълнително обозначени с числа (например, апо-А1, апо-А2 и др.).