Атрезията на хранопровода (Q39.0, Q39.1) е най-честата малформация в неонаталния период и диагностицирана веднага след раждането. Малформациите, изброени по-долу, се проявяват по-късно, често усложнени от аспирационна пневмония, хипотрофия, езофагит.