Менингококите са грам-отрицателни сферични клетки с диаметър 0,6-0,8 µm. В натривки, приготвени от материал, взет от пациент, те имат формата на кафеено зърно, често са разположени по двойки или тетради, или произволно, често вътре в левкоцитите - непълна фагоцитоза.