Някои видове автоимунен хепатит нямат ясно установена причина, докато други са свързани с известни агенти като тиенова киселина (диуретик) или със заболявания като хепатит C и D. Като цяло, автоимунният хепатит с неизвестна етиология има по-драматична клинична картина, с по-висока серумна трансаминазна активност и нива на γ-глобулини, чернодробна хистология, предполагаща по-висока активност, отколкото в случаите с известна етиология, и по-добър отговор на кортикостероидна терапия.