Усложнения на жлъчните пътища след чернодробна трансплантация се развиват в 10-20% от случаите. Те включват стриктури, изтичане на жлъчка, фистули и холангит. Могат да се наблюдават стриктури на анастомози, причинени от технически грешки, възпаление поради изтичане на жлъчка и фиброза, както и стриктури, несвързани с анастомози, образувани над анастомозата по посока на порта хепатис, причинени в някои случаи от исхемия на канала.