Усложненията от жлъчния тракт след чернодробна трансплантация се развиват в 10-20% от случаите. Те включват стриктури изтичане жлъчна фистула и холангит. Може да има анастомозна стриктури поради технически грешки, поради изтичане на жлъчна възпаление и фиброза и стриктура, без анастомоза, анастомоза образува над вратата в посока на черния дроб, причинени в някои случаи исхемия канали.