Всички пробиотици са разделени на няколко групи, в зависимост от това какво е основата на класификацията. Пробиотичният състав може да съдържа няколко компонента, като в тази връзка се изолират еднокомпонентни препарати, които имат само един специфичен вид бактерии. Тези микроорганизми несъмнено са полезни за червата, по-специално за микрофлората.