Причиняващият агент на вирусния енцефалит, породен от кърлежи, принадлежи към рода Flaviviruses. Вирионът има сферична форма, диаметър 40-50 nm, съдържа РНК, възпроизвежда добре в много тъканни култури. От лабораторни животни бели мишки, хамстери, маймуни, памучни плъхове са най-чувствителни към вируса. Податлив на вирус на енцефалит и много домашни животни.