Определянето на причинителя е от решаващо значение за потвърждаване на диагнозата пневмоцистоза. Основният материал за изследване - храчки, бронхиални секрети, промивки, получени чрез промиване на бронхите или бронхоалвеоларен лаваж, белодробната тъкан резени, взети от трансбронхиален, перкутанно или отворена биопсия. Най-често, поради тежкото състояние на пациента, тези манипулации не се извършват, за да се избегнат усложнения.