Геномът на HCV е представен от едноверижна положително заредена РНК, която кодира 3 структурни (ядро на нуклеокапсидния протеин и нуклеопротеини на обвивката E1-E2) и 5 структурни (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5) протеина. За всеки от тези протеини се синтезират АТ, които се намират в кръвта на пациенти с вирусен хепатит C.