HCV геном съдържа положително заредени едноверижна РНК, която кодира три структурни (нуклеокапсиден протеин ядро и нуклеопротеини Е1-Е2 плик) и 5 структурни (NS1, NS2, NS3, NS4, NS5) протеини. Всеки от тези протеини са открити синтезирани антитела в кръвта на пациенти с хепатит С.