Определянето на антитела към микрозомалната фракция на щитовидната жлеза се използва за диагностициране на автоимунен тиреоидит и хипотиреоидизъм, при които нивото на антитела в кръвта се повишава. Антителата към тироидните микрозоми образуват имунни комплекси на повърхността на клетките, активират комплемента и цитотоксичните лимфоцити, което води до разрушаване на клетките и образуване на възпалителен процес в щитовидната жлеза.