Определянето на антитела към микрозомалната фракция на щитовидната жлеза се използва за диагностициране на автоимунен тироидит и хипотиреоидизъм, при които се повишава нивото на антителата в кръвта. Антителата срещу тироидните микрозоми образуват имунни комплекси на клетъчната повърхност, активират комплемента и цитотоксичните лимфоцити, което води до клетъчно разрушаване и образуване на възпалителен процес в щитовидната жлеза.