Ендометриозната хирургия е хирургична процедура, която има за цел да локализира и премахне или унищожи видими лезии на ендометриоза, да дисектира сраствания, да възстанови тазовата анатомия, да премахне ендометриозни кисти на яйчниците или да лекува дълбоки лезии, които засягат връзките, вагината, червата, пикочния мехур или уретера.