Всеки първичен липопротеин се характеризира с присъствието в неговия състав на един индивид, присъщ само на протеин (аполипопротеин). Аполипопротеините са обозначени с латински букви, някои от които са семейство протеини и също са обозначени с номера (например, аро-А1, аро-А2 и т.н.).